Sở dĩ chúng ta hay nhầm giữa chuối Ngự và chuối cau bởi hình dáng bên ngoài của quả chuối nhìn khá giống nhau, đều là quả nhỏ, màu vàng ươm khá giống nhau.
Nếu quan sát kỹ thấy chuối Ngự quả tròn và thon dài, còn chuối cau có xu hướng tròn hơn (giống hình quả cau). Chuối Ngự thông thường khi chín vẫn giữ được râu ở đầu quả, còn chuối cau thì thường dễ bị rụng râu này.
Chuối Ngự và chuối Cau khi còn xanh nhìn khá giống nhau và tương đối khó để phân biệt. Đến khi chuối chín, chỉ cần tinh mắt một chút có thể nhận thấy, chuối cau mật độ quả san sát hơn, vỏ mịn hơn, quả tròn hơn và thường không còn râu ở đầu quả.
Khi ăn hai loại chuối này có thể cảm nhận được vị chuối khá khác nhau. Chuối Ngự vị ngọt sắc và thơm hơn, còn chuối cau thì không ngọt và thơm bằng.
Bù lại, Chuối cau trồng cho năng suất cao và nhanh ra quả hơn chuối Ngự. Chuối Ngự thường được trồng ở miền Bắc, ngon nhất vẫn là giống chuối được bảo tồn GEN trồng tại làng Đại Hoàng (Nay thuộc thị trấn Nhân Hậu, huyện Lý Nhân, tỉnh Hà Nam), hay còn gọi là chuối Ngự Đại Hoàng. Còn chuối Cau thường được trồng ở miền Trung, miền Nam và khu vực có đồi.
